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2023年8月16日 星期三

資料檢索功力的層級--PubMed 檢索

資料檢索是研究人員的「基本功力」,也是「效率」的指標!

一位研究人員一輩子不可能投入太多的研究題材,所以常用的檢索策略以及檢索原則會跟著研究人員一段很長的時間。

以下簡述檢索功力層級,以及檢核表,可供研究人員/學生確認自己的功力與瓶頸。

表:檢索功力層級
層級*
效能
說明
A
完整、精準

(下方「檢索功力檢核項目」至少熟練 10 項)
檢索策略繁複,如系統回顧之檢索策略、
使用絕大多數相關詞彙(自然語彙、專業詞彙and/or MeSH)、
能排除不相關文獻以提升效能
B
大致完整但不甚精準
或簡單且頗精準
(會遺漏部分重要文獻)

(下方「檢索功力檢核項目」至少熟練 項)
熟悉主要檢索概念與技術(如MeSH, text word, truncation, quotation, limit等)、
設定檢索領域(如 title, author, affiliation等)、
熟練布林邏輯 (OR, AND, NOT)
使用一些常用詞彙(自然語彙、專業詞彙and/or MeSH
C
不佳
key words(常用自然詞彙)檢索為主、
偶爾使用布林邏輯 (AND) 或限制(limit)
*AB二級皆可至少再細分各二級,但暫毋須提出。


檢索功力檢核項目
1. 熟悉常用資料庫所收錄期刊之特質,也就是熟悉搜尋那一個(些)資料庫
2. 能夠找到檢索策略之教學資料(如線上教學媒體)以及範本(如系統性回顧論文 [e.g., Cochrane library] 所列之相關用詞與檢索策略),以學習、查詢及精進檢索策略
3. 熟悉特定領域之檢索(如 title, author, affiliation等)
4. 熟練布林邏輯 (OR, AND, NOT) 之應用
5. 熟悉MeSH 概念且應用於檢索策略中(for PubMed & Medline)
6. 熟悉相關字詞之檢索技術(如truncation [切截])
7. 熟悉如何儲存、重複使用及修改檢索策略
8. 熟悉如何將資料庫之論文輸入至書目資料管理軟體(如Endnote)
9. 已使用 PubMed NCBI 設定定期接收有興趣領域或學者之最新文獻
10. 熟悉至少二種資料庫之檢索方式(至少上述之B級)
11. 熟悉 Endnote(或其它書目資料管理軟體),以有效管理書目資料以及輸出(引用)
12. 已建立興趣領域/model scholars之詳盡檢索策略

以上請惠賜意見(尤其是檢核項目,可修改、添增)!

上述內容是2013的貼文。10年後了.....

ChatGPT 建議之等級與釋例:
等級能力描述檢索技巧職能治療檢索策略/例子
1基礎檢索使用基本的關鍵字進行檢索occupational therapy
2進階檢索使用 Boolean 運算符 (AND, OR, NOT) 進行檢索occupational therapy AND stroke
3專家檢索使用切截字 (truncation) 和檢索欄位設定occup* therap*[Title/Abstract] AND stroke[MeSH Terms]
4專業檢索使用 MeSH (Medical Subject Headings) 進行檢索Occupational Therapy[MeSH] AND Stroke Rehabilitation[MeSH]
5專家檢索+結合所有技巧並使用 filter 進行檢索occup* therap*[Title/Abstract] AND stroke[MeSH Terms] AND (Review[ptyp] AND "last 5 years"[dp])
  1. 基礎檢索: 在這個等級,使用者只需輸入基本的關鍵字進行檢索。例如,輸入 "occupational therapy" 來找到有關職能治療的文獻。

  2. 進階檢索: 使用者開始使用 Boolean 運算符來組合不同的關鍵字。例如,搜尋 "occupational therapy" 和 "stroke" 來找到有關職能治療對中風患者的文獻。

  3. 專家檢索: 使用者使用切截字來擴大檢索範圍,並指定檢索欄位。例如,搜尋標題和摘要中的 "occup* therap*" 和 MeSH 項目中的 "stroke"。

  4. 專業檢索: 使用者完全依賴 MeSH 進行檢索,這是一種更精確的檢索方法。例如,使用 MeSH 項目 "Occupational Therapy" 和 "Stroke Rehabilitation" 進行檢索。

  5. 專家檢索+: 使用者結合所有技巧,並使用 filter 來縮小檢索範圍。例如,搜尋過去五年的職能治療和中風復健的文獻。

這些策略/例子只是一個基本的指南,實際的檢索策略可能會根據具體的需求和目的而有所不同。


以上5等級應可適用於碩班學生之檢索能力分級。

高手等級(我想是第7級)則可參考:

ChatGPT可以幫忙,快速提升至第4~5等級!! 可參考:

文獻檢索:學習相關知識&應用提示


以下為一份將原先的五大步驟與建議內容整合後的「建立PubMed檢索能力/提升檢索效能之步驟」範例,可作為參考使用:

---

## 建立PubMed檢索能力/提升檢索效能之步驟(修訂版)

1. **確認並聚焦檢索主題**  
   - **明確定義研究目標或問題架構**:建議先以 PICO(Population, Intervention, Comparison, Outcome)等常見架構幫助聚焦研究方向。  
   - **多方討論與確認**:必要時與指導老師或跨領域專家討論,確保研究主題的可行性及精準度。

2. **收集並評估關鍵字(自然語彙 + 控制詞彙 MeSH)**  
   - **收集自然語彙**:包括學術文章、教科書、個人既有知識,以及可諮詢系統性文獻回顧(若有)或 ChatGPT 等工具取得初步同義詞。  
   - **確定控制詞彙 (MeSH)**:使用 [MeSH Database](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/) 搜尋,並同時留意可能的 Subheadings(如 therapy、diagnosis 等)或 Supplementary Concepts。  
   - **考慮同義詞與多語系詞彙**:針對研究範圍可能包含外語文獻時,適度加入不同語言或地區使用的關鍵字。

3. **評估各關鍵字與檢索主題之相關度**  
   - **分級管理**:依照「高」、「中」、「低」或「必備」、「可選」等方式區分關鍵字的重要性,並與指導老師溝通確認。  
   - **兼顧敏感度與特異度**:  
     - 需要「完整檢索」時,可優先提高敏感度(納入更多相關性中高的詞彙)。  
     - 若想快速聚焦,可選擇較高特異度的關鍵字縮小範圍,減少無關結果。

4. **學習並應用 PubMed 常用檢索策略**  
   - **布林邏輯 (AND, OR, NOT) 的正確使用**:  
     - AND:用於同時包含多個概念  
     - OR:用於同義詞或擴增檢索範圍  
     - NOT:用於排除特定主題  
   - **進階檢索技巧**:如使用引號、截斷符號 (*)、欄位標籤 [tiab] 或 [MeSH Terms],以及運用 PubMed Advanced Search Builder。  
   - **篩選與限制條件**:適度使用篩選器 (filters)(出版年、語言、文章類型等),並留意是否需要限制臨床試驗、評論型文章,或其他文獻類型。

5. **依據檢索目標整合關鍵字與檢索策略,並動態調整**  
   - **區分檢索深度**:  
     - 快速或粗略查找:以高特異度關鍵字為主,減少無關結果。  
     - 詳細或完整查找:若為系統性文獻回顧或重要研究,需同時納入所有關聯度高的關鍵字,以提高敏感度。  
   - **檢索結果檢視與修正**:  
     - 先行小規模檢索,根據初步結果回饋,調整布林邏輯、增減關鍵字或篩選條件。  
   - **檢索式紀錄與重現**:  
     - 記錄最終檢索式、執行日期、結果數量及篩選條件,確保未來能重複並驗證結果。

---

### 總結

- 透過**明確主題 → 收集並篩選關鍵字 → 學習並熟練檢索策略 → 動態優化**的流程,可有效提升 PubMed 檢索的效率與品質。  
- 如需更全面的文獻收集,可考慮**跨資料庫**(如 Embase、Cochrane Library、Web of Science 等)搜尋,並同樣套用上述步驟確保一致性和完整性。  
- 最後要強調,任何檢索策略都需在實際執行後持續檢驗與修正,才能得到最貼近研究需求的文獻結果。

2019年9月24日 星期二

新的期刊排名 Scimago Journal & Country Rank

碩班同學跟我分享的 Scimago Journal & Country Rank!!

主要期刊排名指標為 SCImago Journal Rank (SJR) 以及 h index
SJR特性:

  1. 各期刊的SJR值源自於引用它的期刊之SJR值。
  2. 被SJR值高之期刊引用,所得SJR值越高。
  3. 期刊的引用越多,能貢獻給所引用之期刊之SJR值越低;反之越高越高。
  4. 控制自我引用,若期刊自引在當年度超過其整體被引比例的33%,超出的自引數不算。
  5. SJR計算之時間區間為3年。

h index: 美國 UCSD 教授Jorge E. Hirsch於2005年提出 :「有h篇文章至少被引用h次」,結合文章數量與影響力兩項關鍵指標。

免費使用!!

可查詢各學門之排名,除了 SJR 另以 Q1~Q4 4級呈現(Q1為前25百分位,最佳)

如何查詢詳醫圖  如何查詢期刊的SJR排名?

Note: AJOT未被歸類於 Rehabilitation 而是 Medicine (miscellaneous)
但有 Health Professions 之 Occupational Therapy 專業學門!!


2019年2月20日 星期三

如何搜尋/確認 model papers/scholars

以我最近的研究議題之一 (醫療人員之溝通能力評估 或 醫病溝通效能評估) 為例

1. 搜尋相關文獻(找出主要評估工具與發展者)

2. 確認工具被引用次數 或 不同工具之引用次數排名

3. 找出主要學者(至少發表過 5篇相關論文,且被引用至少100次),可成為 model scholars
    Google Scholar & PubMed 可快速查詢特定論文被引用次數,只要輸入論文名稱即可查詢獲得「引用次數」與「引用之論文」

4. 主要學者之高引用論文或最新發表的論文,可當成 model papers

5. 定期追蹤 model scholars 之新論文 (如使用 NCBI 定期通知你該學者之最新著作)

以上若有技術問題(檢索與確認),請找高手討論。

如我找到 Elizabeth A Rider 的醫病溝通相關著作:

1.         Amaral AB, Rider EA, Lajolo PP, Tone LG, Pinto RM, Lajolo MP, Calhoun AW. Development of a brazilian portuguese adapted version of the gap-kalamazoo communication skills assessment form. Int J Med Educ. 2016;7:400-405.
2.         Brown SD, Rider EA, Jamieson K, Meyer EC, Callahan MJ, DeBenedectis CM, Bixby SD, Walters M, Forman SF, Varrin PH, Forbes P, Roussin CJ. Development of a standardized kalamazoo communication skills assessment tool for radiologists: Validation, multisource reliability, and lessons learned. AJR Am J Roentgenol. 2017;209:351-357.
3.         Peterson EB, Calhoun AW, Rider EA. The reliability of a modified kalamazoo consensus statement checklist for assessing the communication skills of multidisciplinary clinicians in the simulated environment. Patient Educ Couns. 2014;96:411-418.
4.         Rider EA. Advanced communication strategies for relationship-centered care. Pediatr Ann. 2011;40:447-453.
5.         Rider EA, Hinrichs MM, Lown BA. A model for communication skills assessment across the undergraduate curriculum. Med Teach. 2006;28:e127-134. (Google scholar 顯示被引用超過100次)
6.         Rider EA, Keefer CH. Communication skills competencies: Definitions and a teaching toolbox. Med Educ. 2006;40:624-629. (Google scholar 顯示被引用超過100次)
7.         Rider EA, Kurtz S, Slade D, Longmaid HE, 3rd, Ho MJ, Pun JK, Eggins S, Branch WT, Jr. The international charter for human values in healthcare: An interprofessional global collaboration to enhance values and communication in healthcare. Patient Educ Couns. 2014;96:273-280.

8.         Rider EA, Lown BA, Hinrichs MM. Teaching communication skills. Med Educ. 2004;38:558-559.

以上可確認 Elizabeth A Rider 為 model scholar. 她的著作之中,你有興趣的主題就可成為 model paper

2018年7月16日 星期一

查尋國內外OT學者之高引用論文

對象: 近10年美國OT學會研究院院士 與 國內/國際著名OT教授

資料庫: 查詢 Scopus (https://www.scopus.com/search/form.uri?zone=TopNavBar&origin=AuthorProfile&display=basic)

目的:高引用論文亦即高影響力論文,也是個別論文之主要品質指標!所以找出高引用論文,可瞭解那些論文最有影響力,也是學習/經讀的 model papers!!

以英文姓名查詢
輸入姓與名
確認身分,點選進入
登錄以下 3項數據
同一頁面往下拉,論文「排序方式」選擇「引用次數(最高者先)」

點選引用最多之前3名論文 (點選論文名稱)>> 送至「清單」(點選下一頁,以進入第2篇高引用論文) >> 再由清單「匯出」 >> 選擇 RIS 格式 >> 開啟 Endnote >> 打開匯出之檔案(論文顯示於 Endnote) >>  製作 Smart Group (以姓為命名)  >>  打開各論文 >> 依據 Notes 輸入引用次數於 Label

於 Excel 輸入
1. 姓
2. 國家
3. 機構
4. h-index
5. 文獻數
6. 引用總數
7. 引用最多之第1名論文之被引用次數
8. 引用最多之第2名論文之被引用次數
9. 引用最多之第3名論文之被引用次數

BERNADETTE NEDELEC






2015年9月2日 星期三

檢索效率比較 & Endnote 之書籍輸入

* Linder SK, et al. Citation searches are more sensitive than keyword searches to identify studies using specific measurement instruments. J Clin Epidemiol. 2015;68:412-7.
他們發現 cited references search 比 keyword search 更有效率
cited references search 可由 Google, Web of Science, and SCOPUS 檢索之

* Google Books 可將檢索到之書籍輸出成 Endnote 格式,我們就不用自行輸入於 Endnote!!
只是如果是書籍其中的章節,應該就沒辦法了

另外 Google Books 可買書,亦可建立自己的線上圖書館

最近【才】發現 

也可以【書目匯出】至 Endnote!!

2013年3月30日 星期六

e-TOC vs PubMed's NCBI 更新論文資訊之效能比較

以前我會去各期刊登錄/索取 e-TOC 以掌握最新發表論文
最近我要教臨床人員使用 PubMed, 也同時教他們如何有效率地 up-to-date
若教他們去各期刊登錄/索取 e-TOC,那實在太費時費力!!
所以我就建立幾種他們可能於 PubMed 常用到的檢索目的與策略


1. stroke[tw] OR hemip*[tw] AND Taiwan[ad] AND (therapy[ad] OR rehabilitation[ad])
2. 1103-8128[ta] OR 0966-7903[ta] OR 0045-0766[ta] OR 0272-9490[ta] OR 0008-4174[ta]
3. 1545-9683[ta] OR 0031-9023[ta] OR 0003-9993[ta] OR 0269-2155[ta] OR 1650-1977[ta] OR 0894-9115[ta] OR 0963-8288[ta] OR 1973-9087[ta] OR 1074-9357[ta] AND (Stroke[tw] OR hemip*[tw])

並儲存於 NCBI 帳號,一次解決自動更新的繁瑣登錄/問題!!

Note: PubMed & NCBI 的功能,一直「慢慢」更新/強大中!!

2012年2月4日 星期六

基本研究能力競賽-- Game 1

題目:請彙整2006年迄今發表於期刊論文且測量健康相關 construct 之CAT
內容請至少包涵:測量之 construct, 發表年代、研究團隊 (含國家)、效能(如題數及時間)
進階內容包含題庫題數、題庫來源(「新發展」為主還是「以現有量表」為主)以及心理計量特性

評分內容包含:
1. 檢索策略之效能(含策略與結果),請以 WORD 檔或 EXCEL 檔呈現。 [評分比例 40%]
2. 彙整結果,請以 WORD 檔含圖表呈現,以圖表為主,若行有餘力,再加上簡單文字說明。 [評分比例 60%]

最後請將上述結果 post 在自己的 blog 同時 e-mail 給老師。

2012年1月17日 星期二

研究基本能力檢定:資料檢索--Endnote

基本功能:
1. 資料檢索與資料輸入(其它資料庫或單筆輸入)
2. 資料(論文)歸類與標籤 (label)
3. 插入參考文獻於稿件(WORD檔,含選擇及切換參考文獻格式以及基本 style 編輯 [Karine's comments]
4. 修訂既定文獻格式之錯誤(如期刊全名或縮寫、大小寫、標點符號)
進階功能:
1. 建立/儲存/再使用檢索策略檔案
2. 修改參考文獻之 style 檔案
碩班生應熟悉基本功能。
博班生應嫻熟上述基本功能,亦須熟悉進階功能。

2011年12月27日 星期二

model papers 的另一功能

模仿其研究題材/架構,也就是訂定研究題材與撰寫論文之範本。
如最新出爐的論文:Modifying the Medical Research Council grading system through Rasch analyses 特點:
1. 臨床與學術多數人熟悉的評估工具 MRC muscle power testing;
2. 重要發現(e.g.,Disordered response-category thresholds, ordinal to interval-level values)
3. 大樣本(尤其是特殊樣本) (但這點就很難模仿了,因為資料難以取得)
以上等於發表於 high impact factor 期刊 (Brain)!

平時多「蒐集」model papers, 並加以分類。對於未來論文題材之擬定以及論文撰寫、甚至教導學生,皆有助益!

2011年12月21日 星期三

如何搜尋/確認 model papers

1. 以特定主題 檢索相關文獻
2. 確認該領域之專家(您找到的文獻之中,至少有5篇是他/她寫的),您可排序找出文獻最多的作者
3. 好好讀文章/判斷選擇之
另外您也可檢索該文獻被引用的次數,以協助確認。
同時您也可瞭解該主題,國際上之著名學者。


以CAT之發展為例:
我在 PubMed 找到約1,000篇(涵蓋一些不相關之著作, but, it's ok)
再以第1作者,且每頁200篇呈現之(從PubMed display settings 設定之),很快即可找到超過5篇之作者。
我找到 Choi SW, Dumas HM, Haley SM, Hart DL, Jette AM, Lai JS, Wang YC 等7人撰寫超過5篇CAT之發展與應用論文。

其中 Dumas HM, Haley SM & Jette AM 三人屬於同一研究團隊(諸多共同著作,但寫最多CAT論文的 Dr. Haley 已於今年7月仙逝
Hart DL & Wang YC 二者亦然(應是師徒或老闆/ post doc)
Lai JS & Wang YC 皆為台大OT系友
Looks interesting!!

最後就是好好精讀。一般而言,同一作者之論文內容,重複性高。所以您可以讀得很快,即可選定2-3篇 model papers!!



2010年9月6日 星期一

update 最新論文訊息

研究人員勤於/樂於掌握最新論文發現,以掌握新知與趨勢,也免得後知後覺/不知不覺。

除了參與國際研討會,有效率取得資料庫或網路資訊,是為捷徑!

資料庫方面,可先以興趣領域/國際相關專家,建立檢索策略,定期檢索之。如 PubMed 之 NCBI 建立策略後,即可設定定期檢索與 e-mail 通知。It's a must!

Web部分,可訂閱相關期刊之 e-TOC,甚至定期流覽期刊有事先刊登完成排版但尚未正式刊登之論文。

享受掌握學術新知/脈動的樂趣!!

2009年12月27日 星期日

檢索策略 庫

[資料檢索] 是 解決問題 與 研究 的第一步,許多學生/助理,在此就卡住了。
資料檢索能力的2大關鍵: 建立策略及瀏覽能力。 先不談流覽能力,就建立策略言,首先需要了解資料庫之檢索語法以及找到合適的 model (如 Cochrane Library) 參考。因為 model 裏,就有許多檢索語法語相關詞彙可參卓,因此 先找到 檢索詞彙與語法 的 model article 應為首要。

另外,我應該建立 檢索策略庫,蒐集Cochrane Library 中研究相關主題之 model articles 以及 檢索策略 [PubMed or Medline],以利後續助理與學生,快速進入情況!

請 Jenny 以及 Karine 先協助做個示範吧!

先拋磚引玉:
PubMed 的檢索策略參考文獻:
Terwee CB, Jansma EP, Riphagen II, de Vet HC. Development of a methodological PubMed search filter for finding studies on measurement properties of measurement instruments. Qual Life Res. 2009;18(8):1115-23.

Note: Jenny had done one example at http://jennyblog911.blogspot.com/2009/12/response-to.html