10 步驟
Phase 1｜先建立 Agent 的「工作規格」
建立固定的作者寫作原則
除了英文風格之外，最好把您的偏好具體寫成一份長期可重複使用的規則，例如：
academic but concise
不過度使用華麗詞彙
一個 paragraph 一個主要 message
避免過度宣稱 causality
Results 不做 interpretation
Discussion 不重複 Results
不使用 unsupported claims
每一個 factual claim 必須有 citation
不允許虛構 reference
優先使用原始研究而非二手引用
遵循 APA / Vancouver 或期刊指定格式
您個人常用的句型、禁用詞、縮寫原則
也可找尋論文撰寫指引等論文或教科書。
之後，把它獨立保存為：
Writing_Guidelines.md
這是 Agent 工作流程中非常值得標準化的一環。
Phase 2｜先確定「這篇 稿件 到底要說什麼」
確定研究目的、research question 與核心訊息
不只是「研究目的」而已。
最好先讓您與 Agent 共同確認五件事：
Research question → Main finding → Novelty → Interpretation → Contribution
例如最後形成一句：
This study demonstrates that X, particularly under Y condition, suggesting Z.
這一句其實是整篇論文的 central claim。
這一步若沒有確定，後面 AI 很容易寫出「內容都對，但沒有故事線」的 Introduction 和 Discussion。
Phase 3｜提早決定 target journal
初步選定 1 個 target journal ＋ 1–2 個 backup journals
target journal 會直接影響：
字數
abstract structure
article type
Introduction 長度
Discussion 長度
reference 數量
table/figure 數量
supplementary material
reporting guideline
terminology
audience
manuscript framing
例如同一個 psychometric study，投：
Archives of Physical Medicine and Rehabilitation
Journal of Clinical Epidemiology
Quality of Life Research
Disability and Rehabilitation
Introduction 與 Discussion 的 emphasis 很可能完全不同。
因此理想順序是：
研究目的 → 初選期刊 → 再開始 manuscript architecture
Agent 非常適合負責整理期刊 Instructions for Authors。
Phase 4｜把 Methods、Results、Tables/Figures 鎖定
完成 Methods + Results + Tables/Figures
不要從 Introduction 開始寫 paper。
因為真正決定 paper 能說什麼的是：
Methods → Results → Tables/Figures
而不是 Introduction。
Agent 在這個階段很適合做的是：
Methods completeness check
statistical terminology consistency
sample size 前後一致
variable 名稱一致
table 與 text 數字一致
decimal places 統一
p values、CI、effect size 格式統一
table/figure callout 檢查
abbreviation consistency
reporting guideline check
有一點很重要：
AI 可以協助撰寫與核對 Methods/Results，但 statistical interpretation 最好仍由作者決定。
Phase 5｜建立 Evidence Base
建立 Core Reference Set ＋ Evidence Matrix
「至少10篇」可以作為實務起點，但我不會把 10 當成主要標準。
比較重要的是涵蓋幾種類型：
Problem/background
Current state of knowledge
Key methodology
Closest previous studies
Conflicting evidence
Theoretical/conceptual basis
Interpretation of your main findings
然後要求 Agent 建立一個表：
| Claim / issue | Key reference | Main finding | How it supports manuscript | Section |
|---|---|---|---|---|
| X is clinically important | Smith 2025 | … | Background rationale | Introduction |
| Previous studies assumed… | Lee 2024 | … | Knowledge gap | Introduction |
| Our result is consistent with… | Chen 2026 | … | Interpretation | Discussion |
這個 Evidence Matrix 比單純把 10–20 篇 PDF 丟給 AI 強很多。
因為它迫使 Agent 回答：
「這篇 reference 到底要拿來支持什麼？」
而不是把 references 當裝飾。
Phase 6｜先做 manuscript architecture，暫時不要寫 prose
與 Agent 共同建立 Introduction 與 Discussion 大綱
要求 Agent：
先不要寫完整句子。
先做 paragraph-level outline。
例如：
Introduction
P1 — Clinical/research problem
→ Why X matters
P2 — Current knowledge
→ What previous studies have established
P3 — Knowledge gap
→ What remains unresolved
P4 — Study rationale and objective
→ Why this study is needed
Discussion 則可以：
P1 — Principal findings
P2 — Interpretation of finding 1
P3 — Interpretation of finding 2
P4 — Comparison with previous literature
P5 — Implications
P6 — Strengths and limitations
P7 — Conclusion
而且每一段最好都指定：
claim → evidence → interpretation → implication
這樣 Agent 寫出來的 paper 會比「請根據這些資料寫 Discussion」可靠很多。
Phase 7｜才讓 Agent 產生完整 manuscript
依 approved outline 撰寫全文
到了這裡，我才會讓 Agent 自動化程度提高。
而且最好不是一次：
「幫我寫整篇 paper。」
而是依序：
Methods → Results → Introduction → Discussion → Conclusion → Abstract → Title
我特別建議：
Abstract 與 Title 最後才寫。
因為只有全文定稿之後，Abstract 才知道真正應該強調什麼。
Phase 8｜Scientific audit
請 Agent「不要修改」，先當 reviewer 找問題
例如要求：
Do not rewrite the manuscript.
Act as a critical peer reviewer and identify:
unsupported claims
overinterpretation
causal language unsupported by the study design
inconsistencies between Methods and Results
discrepancies between tables and text
conclusions not directly supported by results
missing alternative explanations
這其實是 Agent 很有價值的用途。
因為：
Generation 與 Critique 最好分開。
不要讓同一個 prompt 一邊寫、一邊自行判定自己寫得很好。
Phase 9｜Citation audit
每一個 citation 做 claim–source verification
Agent 應逐一檢查：
Manuscript claim
↓
Citation
↓
Original paper
↓
Does the cited paper actually support this claim?
可以產生：
| Manuscript claim | Citation | Supported? | Problem |
|---|---|---|---|
| X improves Y | Smith 2024 | ⚠️ Partial | observational study，不能說 improves |
| X has high reliability | Lee 2025 | ✓ | ICC=.91 |
| Previous studies consistently… | Wang 2023 | ✕ | only one population |
這一步可以顯著降低 AI-assisted writing 最危險的問題之一：
citation distortion。
Phase 10｜Submission audit
最後才做「投稿工程」
Agent 最後檢查：
Journal compliance
word count
title length
abstract structure
keywords
reference style
tables/figures
supplementary files
Reporting guideline
CONSORT
STROBE
PRISMA
COSMIN
TRIPOD
CHEERS
其他適用 guideline
Editorial package
title page
blinded manuscript
cover letter
highlights
graphical abstract
author contributions
conflict of interest
funding statement
data availability statement
reporting checklist
這一階段其實非常適合 Agent，因為它屬於規則明確、但人工很容易漏掉的 repetitive work。
以上流程可濃縮以下架構
① Author rules
↓
② Research question + central claim
↓
③ Target journal
↓
④ Methods + Results + Tables/Figures
↓
⑤ Core literature + Evidence Matrix
↓
⑥ Introduction/Discussion architecture
↓
⑦ Manuscript drafting
↓
⑧ Scientific audit
↓
⑨ Citation audit
↓
⑩ Journal & submission audit
其中我覺得最值得強調的是：
Agent 最有價值的地方，未必是「幫作者寫文章」，而是讓 manuscript preparation 從一次性的文字生成，變成一個可以反覆檢核的、可重現的 workflow。
還可以進一步區分「人」與「Agent」的責任
建議學生或研究者不要形成：
Human → 給資料 → AI → manuscript
而是：
Human scientific judgment → Agent execution → Human decision → Agent audit → Human approval
尤其以下幾件事，我認為最後一定屬於作者：
研究問題是否重要、研究結果應如何解釋、claim 可以做到多強、哪些 limitation 最重要、研究真正的 novelty 是什麼。
而 Agent 特別適合處理：
搜尋與整理、格式化、跨檔案核對、文獻證據映射、一致性檢查、初稿生成、反覆 revision、journal compliance 與 quality assurance。
給學生或年輕研究者，我把核心原則命名為：
「Evidence-first, outline-before-prose, audit-after-generation」
這三句幾乎就是整套 Agent-assisted manuscript writing workflow 的精髓。
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